Magri entra in politica negli anni cinquanta, dopo un'esperienza nella gioventù democristiana a Bergamo. Viene accolto nella segreteria del PC di Bergamo, poi nel direttivo regionale lombardo, e di là passa poi a Botteghe Oscure. Nel 1969 in dissenso con la posizione degli animatori del gruppo (con Rossana Rossanda, Luigi Pintor, Aldo Natoli, Valentino Parlato, Luciana Castellina, e altri) dà vita alla rivista "il manifesto", da lui diretta, e che successivamente viene radiato dal partito. Nel 1971 partecipa insieme agli altri alla trasformazione della rivista nel quotidiano ancora esistente. Successivamente si distanzia dal gruppo, fondando nel 1974 il Partito di Unità Proletaria per il comunismo, di cui è segretario. Confluisce successivamente con tutto il partito nel PCI nel 1984. Al momento della trasformazione del PCI in PDS nel 1991, decide di aderire al Partito della Rifondazione Comunista. Il 14 giugno 1995 la sua corrente lascia il partito per costituire il Movimento dei Comunisti Unitari, su una posizione di appoggio del governo Dini. Successivamente il Movimento appare tra le forze fondatrici dei Democratici di Sinistra, svolta alla quale Magri non aderisce, preferendo tornare a scrivere per il manifesto. Nel 2009 ha pubblicato Il sarto di Ulm. Una possibile storia del PCI (il Saggiatore, Milano), un tentativo di ripercorrere la storia del Partito comunista in Italia e nel mondo nella seconda metà del Novecento, mettendo in evidenza i tanti punti di biforcazione che, se attraversati diversamente avrebbero potuto far approdare a un esito ben diverso dall'attuale movimento comunista italiano. Nel novembre 2011, depresso per la scomparsa della moglie, si reca probabilmente a Bellinzona in Svizzera dove, nonostante la contrarietà degli amici, chiede a un medico amico di aiutarlo nella procedura di morte volontaria assistita chiudendo i suoi giorni all'età di 79 anni.Viene tumulato a fianco della moglie Mara nel cimitero di Recanati.